L’Església Nova forma part de la vila neoclàssica que Carles III pretenia construir al costat del port dels Alfacs com a part d’un pla corresponent a les idees fisiocràtiques imperants en l’època. La ciutat reial va ser fundada el 6 de novembre de 1780.
El projecte original, que mai es va dur a terme, hauria donat com a resultat un important conjunt monumental. Malauradament, la mort del rei, la pèrdua de protagonisme de Floridablanca i el desordre econòmic i administratiu van fer que només es construïssin alguns sectors a mig acabar.
No hi ha cap document que indiqui que l’anomenada Església Nova, situada a l’extrem sud de la població, fos construïda com a església. De fet, la seva estructura es pot identificar amb la dels edificis contemporanis dedicats a funcions administratives. Tampoc se sap qui el va projectar ni qui va supervisar la seva construcció.