Le bâtiment fait partie de la ville néoclassique que Charles III avait l’intention d’ériger près du port des Alfacs, dans le cadre d’un projet qui répondait aux idées physiocratiques courantes à l’époque. La fondation de la cité royale date du 6 novembre 1780.

Le projet original, qui n’a jamais abouti, aurait donné lieu à un important ensemble monumental. Malheureusement, la mort du roi, la perte d’influence de Floridablanca et les désordres économiques et administratifs signifièrent l’interruption du projet et laissèrent quelques bâtiments à moitié construits.

Aucun document n’indique que l’Église Nouvelle, telle qu’elle est nommée, ait été construite pour cette fonction religieuse. Sa structure se rapproche plutôt des bâtiments de l’époque, consacrés à des fonctions administratives. On ignore également qui l’a dessinée ou qui en dirigea la construction.